生物学
生物学研究,由生物学家评估
从实验台操作规程到预印本,生物学证据有其独特的形态。本页介绍创始评估员将从中寻找什么,以及他们将据以评判的评分标准草案。
什么构成生物学技能的证据
生物学的公开记录扩展迅速——bioRxiv 将预印本发布从物理学惯例带入了生命科学规范,实验方案通过专门平台共享,数据集存入 GEO 和 PDB 等数据库。一个可供重复的方法部分、一个附有可用元数据的存档数据集,或一份经仔细阅读后图表依然站得住脚的预印本,都是技能的直接证明。
产业界的生物学会产出学术界鲜见的成果:检测验证报告、靶标筛选文件、以及能让方案在第二家实验室顺利运行的技术转让包。在生物技术公司设计剂量-反应研究、或让 CRO 的读数变得可信的科学家,具备值得评估的研究判断力——尽管通常没有任何可引用的成果可以展示。
该领域长期存在的问题是实验所呈现的内容与摘要所声明的内容之间的落差。识别这一落差——对照组、重复次数、效应量、相关性与扰动实验之间的区别——是一项可习得、可评分的技能,也是这个社区最需要生物学家具备的能力。
阴性结果和验证性结果在此处具有期刊鲜少赋予它们的评估价值。一项统计效力充足但未能重复的验证实验、一项证明试剂并不符合其数据表声明的验证研究,或一份记录已发表效应为何无法重现的预印本,恰恰是审慎评估者最能从中学习的成果——产出这类成果是该领域所能提供的最有力的判断力证明之一。
生物学评估量表初稿
本量表着重考察数据与结论之间的距离,因为临床前生物学的重复性记录使这一距离成为该领域评估的核心问题。
- 实验设计
- 在实验开始之前而非之后确定对照组、随机化、盲法和样本量。该设计能令一位了解常见失败模式的怀疑者信服。
- 结论严谨性
- 结论不超出数据所能支持的范围。机制性语言须由扰动实验来支撑,而非借用相关性研究的结果。
- 方法透明度
- 方案详尽到足以重现,试剂和细胞系有明确标识,数据已存入该领域可访问的数据库。
- 定量严谨性
- 统计方法与实验设计相匹配,效应量与显著性并列报告,且不存在结果依赖性分析的痕迹。
生物学领域的创始评估者将在正式评分前,对照真实预印本对本初稿进行修订。
评估标准的初稿可能包含项目合作伙伴的贡献。合作伙伴在评分中不具任何分量。
创始生物学评估者将做什么
首先用生物学家实际产出的成果对量表进行压力测试——一篇以印迹图为主的预印本与一条基因组学流程的解读方式截然不同,评估标准必须能适用于两者。
对公开成果进行校准轮次:对相同预印本和数据集进行独立评分,再对训练有素的评阅者产生分歧之处及其原因进行结构化比对。
将每个学科的校准记录(已完成设计、正在建设中)带入开放社区,使权重系统一旦运行,便以判断力经过衡量的生物学家为起点。
适合哪些人
本队列需要能够以严格方式阅读他人成果、横跨实验台和分析流程的生物学家:
- 来自学术界或产业界的实验生物学家,能以审稿人应有的态度阅读方法部分。
- 计算生物学家,其流程和存档数据集构成了真正的发表记录。
- 生物技术公司和 CRO 的科学家,其最出色的工作存在于任何期刊都无缘见到的验证报告中。
- 在重复性危机的背景下习得严谨设计能力的早期职业研究者,希望这一技能得到认可。
不适合哪些人
同样重要,申请前值得认真阅读:
- 希望为自己的研究项目背书的人——评估者在此评价的是他人的成果。
- 希望在标准尚未诚实建立之前便获得认证的研究者。
- 不愿让自己的评分准确度被量化并公开的人;校准是社区的基石。
- 需要平台今日即可上线的人——评估机制仍在设计中,本页面有意如实说明这一点。
申请成为生物学评估者
申请表已预选生物学学科。请附上可供查阅的 ORCID 主页、bioRxiv 列表或数据存储库链接。